Il gioco inizia con un prologo nel quale si illustra come Malek, guardiano del pilastro del Conflitto, venga condannato da Mortanius, guardiano del pilastro della Morte, a perdere il suo corpo e a fondersi con la propria armatura per non aver difeso il Cerchio dei Nove dall'attacco del vampiro Vorador.

Cinquecento anni dopo questo antefatto, la storia vera e propria inizia con l'omicidio di Kain, nobile della città di Coorhagen, il quale viene ucciso all'uscita di una taverna da un gruppo di banditi. Mortanius però gli propone di tornare in vita per potersi vendicare, Kain accetta e si risveglia vampiro nel proprio mausoleo. Dopo aver raggiunto e ucciso i propri carnefici, Kain viene nuovamente contattato da Mortanius il quale spiega come essi fossero solo degli esecutori materiali ma non i mandanti della sua morte: lo invita quindi a proseguire verso i pilastri di Nosgoth.

Una volta giunto sul posto, Kain incontra lo spirito di Ariel, guardiana dell'Equilibrio, la quale spiega al vampiro che la propria morte portò alla pazzia di Nuprator, amante della donna, e di conseguenza alla corruzione del Cerchio dei Nove. Ariel invita quindi Kain a ristabilire l'Equilibrio uccidendo i Nove e facendoli rinascere in nuovi esseri puri. Dopo aver ucciso Nuprator e avendo ripristinato con la sua testa il pilastro della Mente, Kain si reca nel palazzo di Malek ma viene da lui sconfitto. Tornato ai pilastri viene indirizzato da Ariel presso l'oracolo di Nosgoth e di qui alla villa del vampiro Vorador. Dopo un colloquio con Vorador, Kain riceve da lui in dono un anello col quale invocarlo in caso di bisogno. Kain, indirizzato da Mortanius, raggiunge un luogo chiamato Dark Eden, dove si trovano i tre guardiani dei pilastri Bane, Dejoule e Anarcrothe. Kain invoca l'aiuto di Vorador, i tre guardiani quello di Malek. Mentre Vorador sconfigge Malek, Kain annienta Dejoule e Bane, mentre Anarcrothe riesce a fuggire. Kain grazie all'elmo di Malek, al mantello di Dejoule e alle corna di Bane ristora i pilastri del Conflitto, dell'Energia e della Natura.

Il vampiro, indirizzato da Mortanius, si reca nella città di Avernus che trova in fiamme. Entrato nella cattedrale di Avernus, vi trova la Soul Reaver, spada leggendaria in grado di assorbire l'energia vitale degli esseri da essa colpiti. Avanzando oltre, Kain affronta Azimuth, guardiana delle Dimensioni e dopo averla sconfitta purifica col Terzo Occhio della donna il pilastro delle Dimensioni.

Kain viene poi informato che un esercito sta marciando da nord verso la città di Willendorf. Questo esercito, guidato da un uomo un tempo chiamato William il Giusto ora Nemesi,ha assoggettato tutte le maggiori città di Nosgoth eccetto che Willendorf. Ottomar, sovrano della città, anziché preparare l'esercito alla battaglia, l'ha inviato per tutti i territori del regno alla ricerca di un uomo chiamato Elzevir che ha imprigionato l'anima di sua figlia in una bambola. Solo dopo aver ucciso Elzevir e aver restituito l'anima della figlia al padre Kain riesce ad ottenere aiuto da Ottomar; Kain si pone quindi alla guida dell'esercito della Speranza ma in una cruenta battaglia le milizie del vampiro vengono annientate. Egli decide quindi di utilizzare la macchina Tessitrice del Tempo di Moebius, guardiano del pilastro del Tempo, per ritornare nel passato ed evitare l'ascesa di William il Giusto.

Tornato indietro nel tempo di cinquant'anni, Kain incontra William mentre ancora era sovrano giusto e leale; spiandolo scopre che egli è aiutato da Moebius il quale lo avvisa dell'arrivo del vampiro e gli fornisce nuove armi per combatterlo tra cui la Mietitrice d'Anime. Tuttavia William non riesce ad evitare la sua sorte e viene ucciso da Kain il quale, utilizzando la macchina Tessitrice del Tempo, ritorna nella propria epoca dove scopre che tutto è cambiato: la gente aveva saputo che un vampiro aveva ucciso il re William e quindi era iniziata una vera e propria crociata contro i vampiri, guidata da Moebius. Kain assiste alla pubblica esecuzione di Vorador; inoltre dopo aver realizzato di essere l'ultimo vampiro di Nosgoth, capisce anche di essere stato manipolato da Moebius. Quindi si scaglia contro il guardiano del Tempo e dopo averlo decapitato si impossessa della sua clessidra.

Su consiglio di Mortanius, Kain ritorna ai pilastri dove di nascosto assiste a un dialogo tra Mortanius e Anacrothe che sfocia in uno scontro nel quale ha la meglio il negromante. Kain quindi si presenta al cospetto di Mortanius ed inizia l'ultima battaglia per la purificazione del Cerchio. Prima di venire sconfitto definitivamente, Mortanius si trasforma in una creatura chiamata Hash'ah'gik. Con la Clessidra di Moebius, la Bilancia di Anacrothe e la Sfera dei morti di Mortanius, Kain purifica i tre rispettivi pilastri.

Resta solo un pilastro da purificare: il pilastro dell' Equilibrio. Ariel appare a Kain e gli rivela di essere lui stesso guardiano dell'Equilibrio. Per ripristinare l'integrità del Cerchio, Kain deve uccidersi ma cosi facendo condannerebbe anche all'estinzione la razza vampira. Egli decide quindi di non sacrificarsi, di porsi alla guida di un esercito di vampiri e conquistare Nosgoth. I Pilastri crollano e di essi non restano nient'altro che macerie.

Nel finale al giocatore viene sottoposta la scelta se far sacrificare Kain e quindi ristabilire l'Equilibrio o se invece non farlo sacrificare e condannare Nosgoth alla corruzione. In realtà, per l'evoluzione successiva della storia, la scelta di Kain è obbligata ed è quella della corruzione dei pilastri. A seconda dell'alternativa scelta, la frase finale sarà:

"In Vita, fu sconosciuto: un modesto nobile. Nella Morte, fu sconosciuto tuttavia, scegliendo l'oblio, riportò l'equilibrio sulla terra. Gli spettri non proiettano ombre."

"Quando abbracciai i miei poteri capii che Vorador aveva ragione: noi siamo divinità - divinità oscure - ed è nostro compito sfoltire il gregge."