Sconfitto dalle armate degli umani, Kain e il suo popolo sono ridotti allo sbando. Durante lo scontro col Signore Supremo dei Sarafan, Kain viene ferito gravemente e perde la Mietitrice d'Anime, condannando il suo popolo alla sconfitta. Un giovane Vorador recupera Kain e lo salva dalla morte.
Al risveglio di Kain, diversi anni dopo, la vampira Umah, che aveva vegliato su di lui, spiega la cruda realtą al vampiro raccontandogli della sconfitta e dello sterminio della razza dei vampiri. Kain, data la sua indole collerosa, giura vendetta al Signore dei Sarafan, ma prima deve recuperare i poteri che ha perso durante il suo sonno letargico.
Per farlo, deve aquisire i poteri dei nemici che uccide. Nel suo cammino incrocia molti dei suoi comandanti, ammutinatisi contro di lui per servire i Sarafan fedeltą ai Sarafan. Il primo che fronteggia č Faustus, un vampiro gią noto a Kain per la sua natura imprevedibile, e di altri traditori come Marcus e Sebastian, fino ad arrivare a Magnus, che lo ha servito con indissolubile fede, ma essendo condannato dai Sarafan a soffrire per il resto della sua non vita nella Prigione Eterna, supplica il suo signore di liberarlo dal suo tormento senza fine.
Avanzano nella sua missione, Kain scopre la veritą: il misterioso Signore dei Sarafan non č altri che un Hylden, un membro dell'antica razza nemica dei vampiri, che aveva scoperto come neutralizzare il potere della Mietitrice, della quale se ne č impossessato dopo aver sconfitto Kain.
Inoltre, Umah gli sottrae la "Pietra di Unione" ( un atrefatto necessario a Kain per poter sconfiggere il Signore Hylden ), in quanto teme che Nosgoth possa cadere nelle mani di un ennesimo tiranno ( vale a dire Kain ), e quindi conta sul fatto di poter essere lei stessa ad eliminare il Sarafan. Tuttavia l' impulsiva vampira č troppo debole per questo incarico e finisce presto sotto l' attacco nemico, dove viene ridotta in fin di vita. Kain la trova poco dopo e dopo un breve dialogo con lei, che lo supplica per avere un po del suo sangue, recide la sua gola, uccidendola.
Seguendo il Signore degli Hylden, scopre che la razza aliena stava cercando, attraverso il potere della "cosa", che si rivela essere Janos Audron imprigionato in una figura demoniaca, di tornare su Nosgoth per riprendersi il potere.
Kain segue il Signore degli Hylden fino ad un portale dimensionale che aveva creato e rischia la morte, ma Janos si sacrifica cercando di salvare Kain e Nosgoth, dando la possibilitą al vendicativo vampiro di raggiungere il Signore degli Hylden ed affrontarlo.
Kain giunge in una strana dimensione dove il Signore Hylden lo attende e dopo averlo ucciso recupera la sua spada.
